Ketika bangsa Portugis berhasil menduduki Malaka, maka kerajaan Aceh menjadi tentangan terberat dalam dunia perdagangan. Kemudian para pedagang muslim beralih memusatkan perdagangannya ke Aceh Darussalam. Hal ini menyebabkan kerugian bagi bangsa Portugis secara ekonomi sebab Aceh tumbuh dengan perdagangannya yang sangat maju. Ketika melihat pertumbuhan Aceh yang semakin maju inilah yang menjadi penyebab Portugis ingin menghancurkannya.
Penyebab Aceh berhasil mempertahankan diri dari bahaya bangsa Portugis yakni sebagai berikut:
1. Aceh bersekutu dengan bangsa India, Persia, dan Turki.
2. Aceh menerima pinjaman kapal, makanan, dan prajurit dari pedangan muslim yang ada di pulau Jawa.
3. Aceh mempunyai kapal yang baik dan prajurit yang tangguh.
Kerajaan Aceh yang melaksanakan perlawanan terhadap bangsa Portugis yakni :
1. Sultan Ali Mughayat Syah (1514 - 1528)
Pada masa kesultanan ini Aceh berbasil bebas dari upaya penguasaan bangsa Portugis.
2. Sultan Alaudin Riayat Syah
Sultan Alaudin berhasil mengusir Portugis yang bersekutu dengan Johor.
3. Sultan Iskandar Muda (1607 - 1636)
Sultan Iskandar ini populer dengan sangat gigih dalam melawan bangsa Portugis yang ingin menguasai wilayah Aceh. Pada tahun 1615 dan tahun 1629 Aceh melaksanakan serangan Portugis di Malaka.
Usaha Aceh dalam mempertahankan diri dari bangsa Portugis antara lain sebab :
1. Aceh menjalin hubungan dengan Persia, India (Gujarat), dan Turki.
2. Aceh menerima pinjaman kapa, makanan, dan prajurit dari pedagang muslim di Jawa.
3. Kapal Aceh dilengkapi dengan persenjataan yang baik.
4. Bekerjasama dengan kerajaan Makassar dan Kerajaan Demak.
Aceh mengalami kemunduran sehabis wafatnya Sultan Iskandar Muda yang lalu digantikan oleh Sultan Iskandar Thani. Pada ketika Aceh dipimpin oleh Sultan Safiatuddin aceh tidak sanggup mempertahankan kebesarannya.